交通运输工程学科于2012年9月被批准为上海高校一流学科（B类）。该学科依托国家重点(培育)学科交通运输规划与管理，上海市重点学科载运工具运用工程及航运仿真技术教育部工程研究中心进行建设，拥有教授及副教授近30名，多位学科成员在社会上享有较高的知名度，并在多个学术组织和行业组织中担任重要工作。学科的主要研究方向是：航运发展战略与规划、航运系统安全与仿真、航运系统信息与控制。
学科未来的发展目标是：建设能承担基础与应用研究的、与国家水运事业和上海国际航运中心建设密切相关的国家工程中心和交通行业重点实验室，在科学研究和人才培养等方面取得为国际同行所公认的创新性成果和领导地位，最终成为具有国际先进水平和航运特色的国家级重点学科。