港口机械电子工程学科于2005年成为上海市重点学科。它以上海国际航运中心建设为服务对象，围绕以智能化、大型化、自动化为核心的港口机电装备进行技术研究，初步具备了独特的学科综合优势和鲜明的行业特色，1981年获得硕士学位授予权。在学科建设和发展过程中，整个学科已经基本形成了港口设备系统智能控制与系统集成、港口大型机械设计制造理论与方法、港口机电系统故障诊断与安全评估等三个稳定的学科研究方向。
本学科在国内外的学术地位也在不断提高，在建设期间，完成项目200余项目，科研经费达到4496万元，其中国家级项目1项，省市部委级项目8项；发表学术论文300余篇，其中被SCI、EI和ISTP收录超过100篇，出版着作16部。另外，获国家科技进步二等奖1项，省部级奖项5项，申请专利权9项。
经过建设，本学科已经基本完成规划目标所指定各项基地建设：新建数字物流综合实验中心和港口集装箱技术发展研究所。数字物流综合实验中心已经通过交通部的初步审核；港口集装箱技术发展研究所已经和国内外着名企业签订产学研联盟，积极开展各项高新技术在港口应用的研究，开始承接整机设计制造工程。
本学科通过吸引博士研究生到校工作，充实本学科队伍，使年轻教师的比例超过了50%，梯队中具有博士学位和正在攻读博士学位的教师和研究人员有25名。同时，每年都选派一部分教师和研究人员参加国际学术会议、进行合作研究和学术交流，以利于科研水平的提高。