物流经济系2007年10月成立，为突出海运、港口、物流等特色，从原国际经济与贸易系中分离出来。国际经济与贸易系的前身是1956创建的武汉河运学院（1957年改为武汉水运工程学院，后改为武汉交通科技大学，现名为武汉理工大学）水运经济系，水运经济系设有水运经济组织与管理本科专业，年制5年。1960年、1961年、1962年连续三届招收外国留学生。1962年我校水运经济系的水运经济与组织本科专业首届招生。1963年8月交通部进行部属院校专业调整，确定上海海事大学以培养水运经济管理高级专门人才为重点和主要特色，集中力量办学，遂将武汉水运工程学院的水运经济系调到上海，合并组建新的水运经济系，随之武汉水运工程学院水运经济组织与管理本科专业并入上海海事大学水运经济与组织本科专业，专业名称为水运经济与组织。文革中该专业停办。
1978年，上海海事大学的水运经济管理本科专业恢复招生，属理工科运输类，学制4年。1979年，水运经济管理本科专业名称改为水运经济专业，属理工科运输类，学制4年。1986年，根据教育部统一整理调整的专业名称，水运经济专业调整为技术经济专业，属理工科管理类，学制4年。同年本专业获得硕士学位授予权，招收运输经济学硕士研究生。
1987年水运经济系成立。1988年10月，根据国家教委统一专业目录的要求，技术经济专业改为运输经济专业，属经济学类，年制4年。
1993年，为了适应改革开放和市场对航运人才的需求，上海海事大学水运经济系的运输经济专业拓宽了外贸运输的专业方向，改为运输经济（外贸运输经济）专业，属经济学类，学制4年。同年新设国际贸易专业，属经济学类，学制4年；至此水运经济系拥有2个本科专业。
1994年，运输经济（外贸运输经济）专业调整为运输经济（外贸运输）专业，属经济学类，学制4年。同年新设国际金融专业，属经济学类，学制4年。至此水运经济系拥有3个本科专业。
1995年水运经济系更名为国际经济与贸易系。
1997年9月，为适应上海海事大学教学改革中确立的“适应社会需求尽量朝着通才的方向挖掘学生潜力”的培养目标，国际经济与贸易系对授予经济学学士的专业开始实施“大类招生”的教育模式。经济学类学生入学后的前两年不分专业，一年级和二年级先学习公共必修课和专业基础课，学生进入三年级，按照学生的志愿和“优生优选，选满为止”的原则，分到运输经济（外贸运输）、国际贸易和国际金融3个专业。
2000年，根据教育部专业调整目录的要求，运输经济（外贸运输）专业改为经济学专业，属经济学类，学制4年。国际贸易专业改为国际经济与贸易专业，属经济学类，学制4年；国际金融改为金融学专业，属经济学类，学制4年。
2001年国际经济与贸易系新设国际经济与贸易（电子商务）专业，属经济学类，学制4年；至此国际经济与贸易系拥有4个本科专业，并继续实行大类招生培养模式。
2006年，根据国家教委专业目录要求，国际经济与贸易（电子商务）专业改为电子商务专业，属管理类，学制4年，划归给上海海事大学工商管理系。
2007年，物流经济系成立，拥有经济学专业（本科）、产业经济学硕士专业。同年，经教育部备案，在交通运输工程一级学科博士点下，增设交通运输经济与管理二级学科博士点。为适应新的形势发展，经济学专业改为经济学（海运与物流经济）专业，属经济学类，学制4年。目前，经济学专业是我国普通高校中，最具海运经济和物流特色的经济学专业点。
2012年，二级学科博士点交通运输经济与管理更名为交通运输工程经济与管理，并在管理科学与工程一级学科下，增设产业管理理论与技术二级学科博士点。
2014年，新增应用统计专业学位（硕士）授权点，2015年开始招生。
2018年，新增应用经济学一级学科硕士学位授权点。
目前，物流经济系拥有经济学（海运与物流经济）专业（本科）、产业经济学专业（学硕，隶属于应用经济学一级学科）、应用统计专业（专硕）、交通运输工程经济与管理专业（博士）、产业管理理论与技术专业（博士）。
